Viral veya bakteriyel faktörler
Ağız ülserlerinin herpes lezyonlarına benzerliği, nedenlerinin viral olabileceğini düşündürmektedir. Bakteriyel kaynaklı da olabilirler, bu durumda ikincil enfeksiyon mikropları söz konusudur.
Endokrin faktörler
Hormonal değişiklikler çeşitli sağlık sorunlarının nedenidir. Ağız ülserleri de bunun bir parçasıdır! Adet kanaması, hamilelik, ergenlik ve menopoz vücudun dengesini bozar ve ağız ülserlerine yol açabilir.
Aile geçmişi
Özellikle tekrarlayan ağız ülserlerinden şikayetçi olan kişilerde, ağız ülserlerinin gelişiminde genetik bir faktörün de rol oynadığı görülmektedir.
Zayıflamış bir bağışıklık sistemi
Vücut yorgunluk veya hastalık nedeniyle zayıfladığında, bağışıklık sistemi baskı altında kalır ve bu genellikle ağız ülserlerinin ortaya çıkmasının nedenidir.
Tıbbi tedaviler
Boyun ve yüze uygulanan radyoterapi ve bazı ilaçlar (özellikle psikotropik ilaçlar veya antibiyotikler) ağız ülserlerine neden olabilir.