Вирусни или бактериални фактори
Сходството на афтите с херпесните лезии предполага, че причината за тях може да е вирусна. Възможно е те да са и от бактериален произход, като в този случай става въпрос за вторични инфекциозни микроорганизми.
Ендокринни фактори
Хормоналните промени са причина за различни здравословни проблеми. Афтите също са част от това! Менструацията, бременността, пубертетът и менопаузата разстройват организма и могат да доведат до афти.
Фамилна обремененост
Изглежда, че в развитието на афтите участва и генетичен фактор, особено при хора, които страдат от рецидивиращи афти.
Отслабена имунна система
Когато организмът е отслабен от умора или заболяване, имунната система е подложена на напрежение и това често е причина за появата на афти.
Медицинско лечение
Лъчетерапията на шията и лицето и някои лекарства (особено психотропни лекарства или антибиотици) могат да причинят афти.